Program Pascasarjana terbentuk pada tahun 2009 dengan 2 program studi pertama yaitu Magister Ilmu Filsafat dan Magister Manajemen. Program Pascasarjana UNAI merancang pendekatan bahwa setiap mata kuliah diarahkan untuk mencapai kompetensi penguasaan ketrampilan alat analisis dan kemampuan menganalisis situasi yang eksis.